L’activité est organisée en quatre pôles principaux qui travaillent en étroite collaboration, permettant la conduite de projets complexes.

- Le Pôle Océanographie réalise les campagnes de mesure en mer, sur le littoral et dans le milieu aquatique et exploite ces données afin de caractériser le milieu marin (hydrologie, sédimentologie, géophysique et biologie marine).

- Le Pôle Environnement accompagne les porteurs de projets maritimes  publics ou privés dans la réalisation de leurs études d’impact sur l’environnement (EIE) dans les volets réglementaires, physique, vivant et humain (socio-économique).

- Le Pôle Ingénierie réalise la Maîtrise d’Œuvre de projets de développement et d’aménagement de l’espace marin et littoral pour de nombreuses collectivités et industriels.

- Enfin, IN VIVO s’investit dans la R&D autour de ses domaines d’expertise : énergies marines renouvelables, bruit en mer, biocarburants, gestion des sédiments contaminés, récifs artificiels.